Pretextando la pandemia COVID19, el presidente Obrador ordenó una serie de recortes que afectaron a diversas instituciones y a los centros públicos de investigación. En el caso del CIDE redujo en un 75% el gasto operativo respecto al monto aprobado durante el Presupuesto de Egresos de la Federación para el año 2020. Lo que impactó en la entrega de becas de manutención y en el ejercicio del gasto corriente: como servicios, papel, etc. De hecho, a partir del recorte se anunció la suspensión total de clases presenciales. Cabe mencionar que el presupuesto aprobado para el Centro representaba sólo el 0.006% del presupuesto federal.