Luego de padecer meses de parálisis administrativa por parte del CONACyT, que retrasaba los procesos y no respondía ni el teléfono, la presión sobre la dirección del CIDE se eleva al estar congelados los pagos de académicos que dependían de los fideicomisos públicos desaparecidos por decreto presidencial en 2020. Entonces, el Dr. Sergio Ayllón renunció a la dirección esperando que así se facilite la relación entre el Centro y el Consejo.
En el comunicado de su renuncia Ayllón declaró su deseo de dar al CIDE: “una dirección renovada que pueda seguir dando cauce a las nuevas necesidades institucionales“.